Entre los principales problemas se pueden mencionar:
a) Daño causado a especies que no tienen relación con el negocio pesquero: A la hora de la práctica de la pesca de arrastre, debido al método utilizado del uso de una red, no solo las especies de peces que tienen que ver con el negocio pesquero. Así a la hora de realizar el arrastre de las redes, elementos del biosistema marino son arrastrados dentro de la misma red o bien son gravemente dañados por el proceso. Esto hace que este tipo de pesca sea poco selectiva y por el tipo de metodología es muy difícil evitar el daño a otras especies.
b) Daño en general a todo el hábitat marino: Organismos tales como las esponjas y los corales son esenciales para el mantenimiento del equilibrio y de la vida en los ecosistemas marinos. Estos 2 organismos son los que se encargan de conformar los arrecifes de corales, los cuáles son el hábitat de miles de peces y otras especies, por lo que son los responsables de mantener la biodiversidad en el ecosistema.
Por lo tanto, la destrucción de estas estructuras por obra de la pesca de arrastre provoca grandes desastres ecológicos, pues se está acabando con el hogar de múltiples especies de animales y al mismo tiempo se está rompiendo el equilibrio ecológico que las especies que habitan en los arrecifes se encargan de mantener.
c) Repercusiones en las especies de depredadores: Como se mencionó anteriormente, la destrucción del equilibrio ecológico que produce la pesca de arrastre, también ocasiona importantes consecuencias en los depredadores del mar.
Esto sucede debido a que al verse reducidas las especies de peces de los cuáles estos depredadores se alimentan, del mismo modo ellos se van quedando sin fuente de alimento, por lo que las poblaciones de depredadores se ven reducidas.
Estas especies no solo se han visto afectadas en su población, sino que también en su tamaño. Según, Aguilar, 2008, con el pasar de los años y la reducción de sus fuentes de alimento, los peces predadores hoy en día han alcanzado su cima alrededor de un quinto a la mitad del tamaño que solían tener años atrás, cuando las especies de los que estos se alimentaban eran más abundantes.
Ejemplificando lo antes mencionado está el hecho de que ciertas especies tales como el pez sierra y el pez vela han reducido su población alrededor del mundo hasta en un 90% en los últimos 50 años, la mayor parte debido a las consecuencias de la pesca de arrastre.
d) Explotación pesquera desmedida: Este problema no es exclusivo de este tipo de pesca, sin embargo el método que se usa en ella puede llegar a afectar de mayor manera al ecosistema.
